1539. 20 de Enero. Juan Ciudad acude a la Ermita de San Sebastián, donde el P. Avila predica en la fiesta del mártir romano. Las palabras elocuentes y fecundas del P. Avila producen en Juan Ciudad una profunda conmoción interior, que se manifiesta en gritos pidiendo misericordia; se golpea y se arroja al suelo rasgándose la ropa. La crisis es tan honda que le lleva a destruir los libros de cuya venta vive, continuando por las calles de Granada sus lamentos, su llanto y su autocastigo. Espectáculo imprevisto que es causa de regocijo, mofa y agresiones. Gentes piadosas lo llevan ante el P. Juan de Avila, quien, conocedor de los hombres y discernidor de espíritus, consuela, alienta y apoya a Juan Ciudad porque sabe que la fuerza de Dios ha golpeado a aquel hombre. Los caminos del P. Avila y del librero de Granada se han cruzado y juntos seguirán hasta más allá de su tiempo y de la historia.

Juan persiste en su conmoción y actitud de purificación incomprensibles para la gente, que no entiende y que le sigue hostigando divertida por el espectáculo gratuito, hasta que es llevado al Hospital Real, donde es encerrado y tratado como un loco furioso. Allá convive con los enfermos, mendigos y lisiados; con hombres de mirada fija y ausente; con maníacos, obsesos y sifilíticos. Es un mundo obsesionante, distinto. Juan es tratado con todos los medios violentos de la época y encerrado en una celda minúscula. La conversión violenta da paso a la reflexión y a la luz. El pensamiento se ordena, el espíritu se sosiega y la miseria que le rodea sacude hondamente su sensibilidad y le va marcando el camino: un día, en nombre de Cristo, él velará por estos hombres, mejorará su condición y despertará la conciencia de los hombres al dolor ajeno, a la miseria, a la injusticia, a la enfermedad y a la muerte. Juan Ciudad permanece en el Hospital Real de enero a mayo de 1539.

Juan Ciudad visita frecuentemente al P. Juan de Avila, quien dirige santa e inteligentemente a aquel espíritu impaciente y enardecido por el deseo de penitencia, servicio y amor. Juan Ciudad viaja a Guadalupe, en Extremadura, y a los pies de la Virgen da forma a su ideal y marca los causes, si es que las aguas enardecidas se les puede encausar, de su futura misión de entrega a los pobres y enfermos que en el Hospital Real le fuera revelada.

Otoño de 1539. Juan vuelve a Granada. Llega limpio, transformado, pletórico de entusiasmo y de generosidad, pobre de medios, pero rico en fervor y afanes: lleno de Dios.

El invierno es crudo en Granada y Juan corta leña y la vende para socorrer a los mendigos y mantenerse él mismo como un mendigo más. Es una época de aprendizaje, de tanteo, pero pronto se lanza a las calles de la ciudad con su grito : "Hermanos, haceos bien a vosotros mismos", que despierta primero la curiosidad y el recelo, pero que poco a poco abre caminos en los corazones de quienes poseen, aportando a las alforjas de Juan Ciudad alimentos, ropa, dinero y, sobre todo, respeto, admiración y acogida. La obra ya está en marcha; la limosna y el amor unidas para extenderse por todo el mundo; una semilla minúscula, pero potente en caridad, en generosidad y en don de Dios.

1539. Los acontecimientos se precipitan a partir de esta fecha y las anécdotas y los hechos admirables se multiplican. Juan Ciudad utiliza las casas de sus bienhechores para acoger a numerosos pobres y enfermos que se acercan a su amparo. El espacio estrecho y la situación con sus benefactores se hace insostenible, lo cual le obliga a alquilar una casa en la calle de Lucena: el que no hace mucho era objeto de burlas por las calles granadinas y de mal trato en el Hospital Real, el librero andariego y humilde acaba de fundar su primer hospital.

Su actividad es continua, dinámica, inexplicable al entender humano; Juan Ciudad pide limosna, limpia y ordena su hospital y a sus enfermos; visita y socorre a otros pobres, enfermos y vergonzantes de Granada; cocina siempre frugal refacción; escucha las dolorosas confidencias; estimula a los desalentados y, sobre todo, ora insistente y tiernamente, hallando en el encuentro con Cristo en la oración y en los sacramentos, la fuerza y el ánimo para seguir encontrándolo en el dolor y en el sufrimiento de los hombres, sus hermanos, siendo a su vez también otro Cristo misericordioso y abnegado.

Su fama se extiende y crece y el Obispo de Granada llama a Juan Ciudad para hacer público reconocimiento de su caritativa misión y ordenando que desde ese momento se llame Juan de Dios, puesto que de Dios son las obras que realiza.

1540-1550. La caridad de Juan de Dios es ya total. Son diez años fecundos, plenos, diríamos sobrehumanos, porque la acción desarrollada trasciende al hombre humilde, sencillo y voluntarioso que es instrumento dócil en las manos y en los designios de Dios.

No hay necesidad a la que no llegue su brazo y su corazón: nobles, mendigos vergonzantes, prostitutas, enfermos de toda clase y condición, peregrinos, niños y ancianos...

En su hospital de la Cuesta de los Gomeles, al que se ha trasladado por la insuficiencia del primero de la calle de Lucena, su intuición, su amor y su inteligencia, en admirable conjunción, promueven mejoras e iniciativas que lo hacen el gran innovador y creador de la ciencia asistencial y hospitalaria de su tiempo.

Sus andanzas por toda Andalucía y aún en la corte real situada en Valladolid, pidiendo ayuda para su permanente penuria de medios, son constantes; cada vez es mayor el campo de trabajo y numerosos los necesitados que se acogen a su caridad protectora.

Los hechos admirables se multiplican y con los primeros discípulos también llegan las bases de continuidad de su obra que es la obra eterna de Dios. Pero su recio temple está resquebrajado, consumido por los ayunos, el trabajo y el fuego de su espíritu. Y aunque se resiste a ello, es obligado a abandonar su hospital y a sus enfermos para ser asistido en casa ajena y morir, de rodillas, alta la frente y con un crucifijo entre sus manos, el día 8 de marzo de 1550.

El campesino de Oropesa, el soldado sin gloria de Fuenterrabía y Viena, picapedrero en Ceuta y librero en Gibraltar y Granada; el hombre del pueblo que desde los ocho años estuvo buscando su destino, es ahora aclamado como santo, como padre de los pobres; él, el más pobre de todos. Una vez más Dios quiere confundir a los hombres haciendo crecer de una minúscula semilla un frondoso árbol que, por todo el mundo cobija a los más desamparados, a los más pobres, a los más amados de sus hijos: a los hombres enfermos, doloridos, abandonados... y repite: " ¡ HERMANOS, Haceos el bien a vosotros mismos ! "